Automated-protocol for synthetic biology

실험이 고속화 되고 다양한 장비를 이용할 수록 데이터의 흐름은 복잡해짐
PCR, Assembly, Transformation 등 본질적으로 동일한 행위 임에도 사용하는 장비, Scale에 따라 다른 장비, 형식으로 실험을 수행하게 되었음
특히, 같은 실험이더라도 Janus, Zephyr, OT-2 등 장비에 따라 서로 다른 Input을 받아 프로토콜을 수행함

연구노트 형식을 기반으로 동일한 Input을 사용하여 서로 다른 장비의 프로토콜을 수행할 수 있게하는 Protocol Maker가 필요함
또, 자주 사용되는 프로토콜은 Web 기반 UI를 제공하여 다른 사용자들의 참여를 유도함.

The Protocols are using in KRIBB Synthetic biology Research Center(SBL)
Contact about Protocols : sanekun@kribb.ac.kr

Machine

OT2 liquid-handler(OT2)

Protocols

• Every Protocol have own Setup Process and Web Programs refer to each README.md

• Nanopore: Ligation Sequencing Kit
• Cloning: PCR - Assembly - Transformation

Protocol Development flow

1. Deck positioning, Reaction, Transformation 등 기본적인 골격을 함수 단위로 유지
2. 각자 실험에 필요한 프로토콜 자체 제작 후 사용
3. 공용으로 사용이 필요한 프로토콜 선정
4. 3에서 선정된 프로토콜의 Web-based UI, Expanded protocol (High-value machine) 제작.

Web Application

• Cloning

Web Development flow

1. 외부에서 입력이 필요한 Parameter 선정 ex) Plate 위치, 이름 ...
2. 동적 할당이 필요한 변수 선정 ex) 볼륨, 샘플 수 ...
3. JSON format 사용 예시 데이터 작성
4. 해당 데이터를 생성할 수 있는 Web UI 개발
5. Protocol과 연결 후 테스트